Untuk mengurangi kemacetan dan menuju konsep penataan angkutan umum yang ideal di Yogyakarta, pada tahun 2007 pemerintah DIY menciptakan moda transportasi Trans Jogja. Trans Jogja digunakan untuk menggantikan keberadaan bus kota yang sebelumnya telah ada. Keberadaan Trans Jogja menjanjikan pelayanan transportasi yang lebih baik kepada masyarakat.
Agus Adrianto, Ketua Organda DIY, berkata bahwa nantinya seluruh bus kota akan digantikan oleh Trans Jogja. “Proses ini tentu tidak bisa menghilangkan semuanya secara langsung, harus bertahap,” katanya.
Pada tahun 2007, revolusi transportasi terjadi di Yogyakarta. Subsidi berupa buy the service yang ditawarkan oleh pemerintah membuat bus kota beralih menjadi Trans Jogja. Konsep buy the service tidak menggunakan sistem setoran, tetapi pengelola membayar para petugas bus sesuai dengan jumlah kilometer yang dicapai. Sehingga pelayanan yang optimal menjadi hal yang diutamakan. Idealnya yaitu tidak akan dijumpai lagi angkutan umum yang ugal-ugalan mengejar setoran.
Pergantian bus kota menjadi Trans Jogja merupakan hasil dari penghapusan trayek perkotaan menjadi Trans Jogja, dengan kombinasi dua buah trayek bus kota diganti dengan satu trayek Trans Jogja. Saat ini bus kota masih tetap beroperasi dengan jalur 2, 4, 5, 7, dan 15. Jumlah seluruh angkutan di Yogyakarta sekarang adalah 355 angkutan dengan proporsi 74 Trans Jogja dan 281 bus kota.
Pada tahun 2015, rencana penghapusan trayek perkotaan akan dilakukan kembali terkait dengan pengembangan jalur Trans Jogja dari 8 jalur yang ada menjadi 17 jalur. Armada Trans Jogja juga akan bertambah lagi dengan total 165 unit.
Namun faktanya, keberadaan Trans Jogja hingga saat ini belum dapat mengatasi masalah transportasi di Yogyakarta. Kemacetan masih belum dapat dikendalikan oleh Trans Jogja, juga pelayanan yang diberikan dirasa kurang optimal oleh sebagian orang, belum sesuai seperti yang diharapkan.
Menurut Lilik Wachid Budi Susilo, selaku peneliti dari Pusat Studi Transportasi dan Logistik, sejak awal konsep yang diusung oleh Trans Jogja salah karena hanya meniru prinsip dari Trans Jakarta namun tidak menyesuaikan dengan keadaan jalan Kota Yogyakarta.
Trans Jakarta memiliki lajur khusus, halte bus pun dibuat tinggi agar proses muatan penumpang dapat lebih cepat dan efektif. Sementara itu, Trans Jogja tidak mempunya lajur khusus. Sehingga halte yang dibuat tinggi dan terletak di kiri jalan pun merupakan hal yang sia-sia.
“Trans Jogja hanya mengadopsi, tetapi lupa mengadaptasi. Sehingga semakin lama konsepnya malah menjadi semakin tidak jelas” katanya.